Klonlar galaksinin tozunu attırırken, kahraman Jedi Savaşçıları düzeni ve barışı korumaya çalışmaktadırlar. Gitgide daha çok sistem kara güçlerin ağına düşmektedir çünkü Galaksi Cumhuriyeti'nde Bölücülerin ve ellerindeki robot (droid) orduların sayısı her geçen gün daha da artmaktadır.

Anakin Skywalker ve Padawan öğrencisi Ahsoka Tano kendilerini suç patronu Hutt Jabba'yla karşı karşıya getirecek, ciddi sonuçları olan bir görevin içinde bulurlar. Ama Kont Dooku ve aralarında sefil Asajj Ventress'in de bulunduğu sinsi ajanları, Anakin ile Ahsoka'nın görevlerinde başarısız olmalarını temin etmek için dur durak bilmeyecektirler.

Bu arada, Klon Savaşları'nın ön cephelerinde, Obi-Wan Kenobi ve Yoda Usta karanlık güçlere direnmek için muazzam klon ordusuna önderlik ederken kahramanca bir çaba içindedirler...